金属化病毒（参见《刺猬索尼克2019》）消除后，索尼克和他的伙伴们为遏制蛋头的反扑，正在设法重铸机器人奥米伽的身体；然而他们没想到的是，斯塔莱恩策划了一起大规模越狱，恶人们也难得团结了起来……